S'appuyant sur les compétences de ses différents agents répartis sur tout le territoire français, Codifor-Afpi internationale dispose d'une organisation souple fonctionnant en réseau :
une équipe de direction et de coordination basée à Paris, responsable institutionnelle, et garante du "label Codifor" ;
des organisation réalisatrices (AFPI, CFAI...) dans les différentes régions, responsables de la mise en place des actions ;
des organismes partenaires d'appui en France et à l'étranger : centres d'enseignement, centre techniques, etc.